Créer par le scénariste Mark Millar et dessinée par Steve McNiven, la série apparaît en 2006 jusqu'en 2007.

La série décrit la promulgation d'une nouvelle loi, la Loi de recensement des Sur-Hommes et ses conséquences dans l’Univers Marvel. La loi impose à toute personne possédant un super-pouvoir ou qui porte un masque dans le but de protéger les citoyens des super-vilains de s’inscrire à un registre officiel et de révéler son identité secrète auprès des autorités afin que celles-ci puissent encadrer et contrôler ses activités. Les super-héros (et les lecteurs) se divisent alors en deux groupes : ceux qui sont favorables à la loi et s'y plient par conviction ou pour obtenir une amnistie dans le cas des super-vilains, et ceux qui la refusent au prétexte qu'elle entrave les libertés individuelles ou menace la sécurité de leurs proches.

Chacun des deux groupes se rallie derrière un super-héros emblématique de l’Univers Marvel, Iron Man pour ceux qui sont favorables à la loi et Captain America pour ceux qui y sont défavorables. La série met alors en scène la lutte à laquelle les deux groupes vont se livrer. Elle s'achève par un combat titanesque dans les rues de New York.

Déroulement de l'histoire de cette événement majeur de Marvel

Après une altercation entre les New Warriors (Night Thrasher, Namorita, Speedball et Microbe) et un groupe de super-vilains (Cobalt Man, Speedfreek, Coldheart et Nitro), plus de six cents habitants de la ville de Stamford dans le Connecticut, aux États-Unis, périssent lorsque Nitro, un surhumain aux pouvoirs destructeurs, détruit plusieurs pâtés de maisons et leurs habitants.

Un seul membre des New Warriors, Speedball, a survécu à l'explosion et se retrouve projeté à des kilomètres des lieux de l'incident. Blessé, il est remis aux autorités et est rendu responsable du décès des 600 habitants de la ville de Stamford.

L'opinion se retourne contre les super-héros, jugés moralement responsables de la catastrophe de Stamford ; soutenu par Iron Man, le gouvernement américain fait alors promulguer par le congrès une loi spéciale : la loi de recensement des super-humains. Cette loi oblige tout super-humain à se faire recenser, révéler son identité secrète aux autorités, suivre une formation appropriée, et travailler aux ordres du gouvernement. S'ils ne se plient pas à cette loi, ils seront arrêtés et placés en détention dans des prisons prévues afin d'accueillir les super-héros entrés dans l'illégalité.

Maria Hill, la directrice du SHIELD, demande alors au légendaire Captain America de créer une équipe de super-héros enregistrés pour appréhender tous les super-héros qui ne se soumettraient pas à cette nouvelle loi. Captain America refuse catégoriquement l'offre de Maria Hill et est alors sous la menace des agents du SHIELD qui cherchent à l'appréhender. Il réussit à s'enfuir et forme un mouvement de résistance clandestin, les Vengeurs secrets.

Hercule, le Faucon, Daredevil, Luke Cage, et les Young Avengers, ne voulant pas se soumettre à cette nouvelle loi, rejoignent les rangs de Captain America. Nick Fury, ancien directeur du SHIELD, leur propose son aide et accepte que la résistance de Captain America utilise une base du SHIELD connue de lui seul.

Le gouvernement américain demande ensuite à Tony Stark de créer une équipe de super-héros dans chaque État de l'Union pour faire respecter la nouvelle loi. Tous les super-héros devront dorénavant travailler pour l'état et divulguer leur identité. Ils devront aussi poursuivre et arrêter tous les héros et vilains qui s'opposent à la nouvelle loi.

Miss Marvel, Pourpoint Jaune, La Guêpe, Tigra, Wonder Man et Spider-Man deviennent les premiers super-héros à devenir des conscrits pour le gouvernement américain. Ils deviennent la nouvelle équipe des Puissants Vengeurs.

Tony Stark et Peter Parker, afin de donner l'exemple, révèlent tous deux leur identité devant les caméras de télévision. Peter prend néanmoins conscience du danger qu'entraîne la révélation de son identité lorsque des supers-vilains tels que le Docteur Octopus s'attaquent à ses collègues de travail et menacent sa famille.

Embuscade

Les Vengeurs Secrets reçoivent un SOS provenant d'une usine pétrochimique prétendument en proie à un incendie. Les super-héros rebelles se rendent sur place pour tenter d'y secourir les éventuelles victimes. Arrivés sur place ils se rendent vite compte qu'ils sont tombés dans un piège tendu par Iron Man et ses alliés, qui attaquent les Vengeurs Secrets. Captain America combat Iron Man qui le blesse gravement. La situation, déjà délicate pour les Vengeurs Secrets, s'envenime ensuite avec l'arrivée de Thor, censé être mort. Ce dernier, dans une rage indescriptible, assassine Goliath sous les yeux de tous les super-héros présents. Jane Richards, choquée par ce meurtre, permet aux Vengeurs Secrets de s'enfuir sous le regard médusé de Red Richards, son époux devenu un soutien inconditionnel de la loi de recensement des super-humains. Il sera ensuite révélé que Thor n'est autre qu'un clone sans conscience humaine créé et contrôlé par Red Richards.

Alors que les membres des deux camps tentent de se remettre du drame, Jane Richards et son frère Johnny Storm quittent les Quatre Fantastiques afin de rejoindre Captain America. Cable décide quant à lui de se retirer du conflit (comme l'a fait La Chose), tandis que Stature et Nighthawk rejoignent le clan des pro-recensement d'Iron Man. Wiccan des Young Avengers est fait prisonnier. Les pertes de chaque côté sont lourdes et le meurtre de Goliath laisse certains héros amers, comme Spider-Man, qui doute de plus en plus de la légitimité de son engagement.

Iron Man et Mr Fantastique, voyant leurs effectifs baisser, décident de prendre des mesures radicales. Ils forment de nouveaux Thunderbolts avec d'anciens super-vilains. Ayant accepté de donner leur identité, les criminels sont maintenant des agents de l'État et peuvent légalement combattre les super-héros anti-recensement.

Plusieurs super-héros sont alors faits prisonniers et sont envoyés dans une prison dénommée 42 qui se trouve dans la Zone négative, un univers parallèle, et qui a été construite par les Entreprises Stark et gérée par Tony Stark, Red Richards et Henry Pym.

Changement de camp

Peter Parker est tourmenté à l'idée de combattre les super-héros alors que ses alliés engagent maintenant des criminels. De plus, il a dû combattre à plusieurs reprises son idole Captain America pour le livrer aux autorités. Par la suite, la mort de Goliath le fait hésiter, mais c'est en découvrant la prison de la Zone négative et les nombreux super-héros incarcérés qu'il comprend qu'il a choisi le mauvais camp et décide d'en changer. Il en parle à sa femme et à sa tante qui décident de le soutenir dans sa décision.

Cependant, cette conversation avait été enregistrée et écoutée par Iron Man. Un affrontement débute entre les deux super-héros, mais Spider-man réussit à s’enfuir de la tour des Vengeurs. Une bande de criminels réformés le suivent et lui tendent une embuscade. Le Pitre et Jack O'Lantern lui infligent de sérieuses blessures. Alors qu'il paraissait douteux que ces criminels obéissent à l'ordre de le capturer vivant, le Punisher les abat d'une balle dans la tête.

Un nouvel espoir

Au même moment a lieu une réunion au repaire des Vengeurs Secrets. On apprend que le téléporteur nommé La Cape a été appréhendé et incarcéré dans la prison 42 de la Zone négative avec sa compagne de route Épée. Alors que les super-héros cherchent une solution pour aller secourir leurs alliés prisonniers, le Punisher arrive avec Spider-Man dans ses bras. Il a besoin de soins médicaux de toute urgence, en raison des blessures infligées par ses poursuivants.

Pendant que Spider-Man reçoit des soins, le Punisher leur explique que plusieurs criminels ont rejoint les rangs d'Iron Man. Il leur offre son aide pour tenter d'entrer dans la zone négative mais plusieurs vengeurs ne lui font pas confiance. Il leur explique qu'il les a pourtant déjà aidés dans leurs derniers combats.

À New York, l’équipe du SHIELD appréhende Daredevil dans le quartier de Hell's Kitchen (il n'est autre qu'Iron Fist qui a revêtu le costume de Daredevil pour convaincre les médias que Matt Murdock n'est pas Daredevil). Il est envoyé dans la zone négative de la prison 42. Iron Man lui demande de s'engager dans son combat et qu'il serait même prêt à lui fournir une équipe pour arrêter des super-héros récalcitrants. Juste avant de le faire entrer dans sa cellule, l'un des deux Gardes donne à Iron Man une pièce d'un dollar cachée sous la langue de Daredevil, et qui lui était destinée. Alors Daredevil parle pour la première fois depuis son arrestation : « Je suppose que ça t'en fait 31, maintenant ?... Dors bien, Judas ! »

La contre-attaque

Comme Le Punisher réussit par ses propres moyens à entrer au Baxter Building (repaire des Quatre Fantastiques) et à y découvrir les plans pour la porte 42, Sue Richards se rend dans la cité d'Atlantis pour y rencontrer Namor. Elle veut qu'il rejoigne les rangs des Vengeurs Secrets mais sans succès. Namor a ses propres ambitions.

Pendant ce temps, au repaire des Vengeurs, le Punisher est revenu avec les plans détaillés de la Porte 42. Soudain, les super-vilains Goldbug et Plunderer arrivent à la base secrète des rebelles. Leur but est de rejoindre les rangs de Captain America, mais le Punisher les abat froidement. Horrifié par ce qu'il vient de voir, Captain America expulse le Punisher du groupe.

Les Vengeurs Secrets, rejoints par Tornade des X-Men et La Panthère noire, s'infiltrent à l'intérieur du complexe 42. L'équipe est alors confrontée aux super-héros ralliés à la cause d'Iron Man, et il s'avère que chaque équipe avait installé des taupes dans le camp rival.

Une surprise de taille attend les super-héros gouvernementaux : Pourpoint Jaune, le Docteur Henry Pym, avoue être l'autre espion à la solde des Vengeurs Secrets. Mr Fantastic et Iron Man n'en reviennent pas. Mais Pourpoint Jaune se métamorphose alors en jeune homme vert qui s'appelle Hulkling, un membre des Young Avengers. Il avait réussi à infiltrer la ligue des super-héros enregistrés le matin même.

Les super-héros prisonniers de la Zone Négative sont libérés et rejoignent les rebelles. Maintenant, ils sont prêts à se battre. Alors que la bataille se prépare, Captain America avertit les supporters de la loi controversée : « Maintenant Gentlemen, fermez les yeux. Ça va faire mal. »

La fin des combats

Alors que la bataille finale commence, la Cape téléporte les combattants à New-York, au moment où Namor et une armée d'Atlantes arrivent pour se battre du même côté que les Vengeurs Secrets et les Champions. Le clone de Thor et le double de Captain Mar-Vell font partie des forces de l'équipe d'Iron Man. Mister Fantastic sauve la Femme Invisible d'une balle tirée par le Taskmaster et Hercule détruit le clone de Thor. La Chose revient pour protéger des citoyens du désastre causé par les combats acharnés.

Alors que Captain America veut en terminer avec un Iron Man à moitié détruit, les policiers, les pompiers et d'autres citoyens tentent de le raisonner en le faisant réaliser qu'un quartier de New York est devenu un champ de ruine. Le héros réalise l'ampleur des dégâts et décide de se rendre, car il vient de comprendre que lui et les autres super-héros ont été trop loin et que ce sont les citoyens qu'ils sont supposés protéger qui sont les victimes de cette guerre civile. Captain América retire donc son masque et se rend aux soldats du SHIELD, sous les regards médusés de ses alliés et de ses ennemis. Il demande à ses alliés de se rendre eux aussi, car il est désormais résolu à lutter contre la loi de l’enregistrement dans la légalité.

Iron Man a alors les mains libres pour mettre en place son projet Initiative dont le but est de former de nouveaux super-héros et de placer une équipe par États des États-Unis. Lors de son transfert à la base du S.H.I.E.L.D, Captain America est pris pour cible par Crossbones. Mais alors qu'il survit à cette attaque, Sharon Carter lui tire une balle dans le ventre à bout portant (elle a en réalité été conditionnée par le Docteur Faustus). Cet évènement marque un tournant décisif dans l'histoire des super-héros de l'univers Marvel, Captain America étant pour les partisans de la loi ainsi que pour ceux y étant défavorables, un modèle à suivre et à respecter.

Par la suite, le président des États-Unis garantit l’amnistie générale à tous les opposants de la loi de l’enregistrement qui ont eux-mêmes retournés leur veste en s’enregistrant.

Conséquences de cette événement

• Les mutants rôdent librement, surveillés par les Sentinelles postées à l'Institut Xavier.
• Bishop quitte les X-Men et on lui offre une place à l'ONE.
• L'identité de Spider-Man est rendue publique. Il devient, lui et ses proches, la cible de ses ennemis, de même que tous ses anciens alliés favorables à la loi de recensement. Quand May Reilly est grièvement blessée par un tueur à gages du Caïd, Spider-Man revêt de nouveau son costume noir, pour montrer à ses ennemis qu'il sera aussi cruel qu'eux.
• Le président des États-Unis accorde une amnistie générale pour les opposants à la loi de recensement qui se rendraient.
• Tony Stark devient le nouveau directeur du S.H.I.E.L.D..
• Le projet Initiative est lancé, dans le but de créer une nouvelle équipe de super-héros dans chaque État des États-Unis.
• Les Puissants Vengeurs sont créés.
• Plusieurs héros préfèrent s'exiler, notamment au Canada, où l'équipe des Omega Flight est créée.
• De nombreux héros choisissent de rester clandestins, comme les Nouveaux Vengeurs : Docteur Strange, Echo (anciennement Ronin), Iron Fist, Luke Cage, Ronin (actuellement un Clint Barton ressuscité), Spider-Man, Spider-Woman et Wolverine.
• Mr Fantastique et la Femme Invisible quittent temporairement les Fantastic Four et sont remplacés par Tornade et la Panthère noire
• On assiste au retour de Captain Marvel I.
• Les pouvoirs de Speedball (et sa santé mentale) furent drastiquement altérés lors de l'explosion de Stamford. Il devient le nouveau Penance, et intègre l'équipe des Thunderbolts.
• Tom Foster, le neveu de Bill Foster, devient le nouveau Goliath.
• Une nouvelle équipe des New Warriors apparaît.